###################################################################################

library(data.table)
library(optparse)

###################################################################################

option_list <- list(
    make_option(c("--input_file"), type = "character") ,
    make_option(c("--burden_shareprivate_file"), type = "character") ,
    make_option(c("--out_path"), type = "character")
)

if(1!=1){
    
    input_file <- "/public/home/xxf2019/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/baseTable/STAD_Info.addBurden.MSI_MSS.addCNVType.tsv"
    burden_shareprivate_file <- "~/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/images/mutBurden/mutBurden.share_private.tsv"
    out_path <-"/public/home/xxf2019/20220915_gastric_multiple/dna_combinePublic/public_ref/images/mutBurden"

}

###########################################################################################

parseobj <- OptionParser(option_list=option_list, usage = "usage: Rscript %prog [options]")
opt <- parse_args(parseobj)
print(opt)

input_file <- opt$input_file
burden_shareprivate_file <- opt$burden_shareprivate_file
out_path <- opt$out_path

dir.create(out_path , recursive = T)

##############################################################################

dat <- data.frame(fread(input_file))
burden_shareprivate <- data.frame(fread(burden_shareprivate_file))[,c("Tumor" , "BurdenExon_share" , "BurdenExon_private")]

##############################################################################

dat <- merge( dat , burden_shareprivate , by.x = "Tumor" , by.y = "Tumor" )

out_name <- paste0(out_path , "/STAD_Info.addBurden.MSI_MSS.addCNVType.addPrivateShare.tsv")
write.table( dat , out_name , row.names = F , quote = F , sep = "\t" )
